מסגרות החינוך של 'יחד מודיעין' פועלים בשיתוף עם רשת 'מיתרים'.
מערכת החינוך של הקהילה כוללת בשנת הלימודים תשפ"א תשעה גני ילדים מטרום-טרום חובה עד חובה, בית ספר יסודי בשכונת הנביאים וכיתות א'-ב'-ג' במסלול 'יחד' בבית הספר 'ניצנים' ותיכון שש-שנתי. בסך הכול התברכנו בכ-1,937 תלמידים.
המרכז החינוכי המשולב 'יחד מודיעין-גוונים' שבשכונת הנביאים כולל שישה גנים, ביה"ס היסודי 'יחד', ביה"ס התיכון 'יחד' ובית ספר לחינוך מיוחד 'גוונים'.
בשנת תשע"ט התחלנו בצמיחה מחודשת עם פתיחתו של גן טרום טרום חובה בשכונת משואה. כיום כולל מתחם הגנים בשכונת משואה שני גנים, לגיל 3 ו-4, גן שסק וגן שקמה, ובמתחם בית הספר ניצנים נמצא גן חובה שקדיה ומסלול צומח של כיתות א', ב' וג'.
